一直到上世紀(jì)90年代，相關(guān)的論證與爭(zhēng)論依然存在。國(guó)務(wù)院南水北調(diào)辦第一任主任張基堯也曾回憶稱，1997年，有一次相關(guān)部門就南水北調(diào)相關(guān)工作在開(kāi)會(huì)，會(huì)上幾種意見(jiàn)爭(zhēng)執(zhí)不下。
 
    曾任南水北調(diào)規(guī)劃設(shè)計(jì)管理局局長(zhǎng)，參與了《南水北調(diào)工程總體規(guī)劃》起草全過(guò)程的北京師范大學(xué)水科學(xué)研究院院長(zhǎng)許新宜在接受媒體采訪時(shí)表示，當(dāng)時(shí)主要爭(zhēng)論的問(wèn)題有三個(gè)：一是北方到底缺不缺水？如果缺，缺多少？二是水源地能調(diào)出多少？三是生態(tài)與環(huán)境問(wèn)題。
 
    顯然，構(gòu)想通往現(xiàn)實(shí)的道路，并不容易走。
 
    1998年長(zhǎng)江遭遇特大洪水。2000年、2001年，北方發(fā)生嚴(yán)重干旱。這加速了南水北調(diào)總體規(guī)劃工程的推進(jìn)。張基堯回憶：這給了我們新的啟示——不僅要加強(qiáng)防汛工程的建設(shè)，還要利用洪水資源給北方多補(bǔ)水，在減少南方洪澇災(zāi)害的同時(shí)，兼顧北方對(duì)水資源的需求。
 
    2002年，中央審議通過(guò)了《南水北調(diào)工程總體規(guī)劃》。隨后，2003年10月，南水北調(diào)中線一期工程開(kāi)工建設(shè)。
 
    水質(zhì)安全是一條“調(diào)水底線”
 
    實(shí)際上，無(wú)論是開(kāi)工前，還是開(kāi)工后，關(guān)于南水北調(diào)中線工程的環(huán)境問(wèn)題一直備受關(guān)注，而這當(dāng)中關(guān)于水質(zhì)的擔(dān)心更是不絕于耳。
 
    “南水北調(diào)工程在開(kāi)工建設(shè)之初就明確提出‘先治污后通水，先環(huán)保后用水’，確保水質(zhì)安全，這是一條調(diào)水底線。”國(guó)務(wù)院南水北調(diào)辦公室主任鄂竟平這樣回應(yīng)。
 
    “天然水資源是自然稟賦。從人與自然和諧相處的觀點(diǎn)來(lái)看，我們不能把水吃干喝凈。對(duì)于地區(qū)的發(fā)展來(lái)說(shuō)，我們要考慮地區(qū)水資源的承載力，適水發(fā)展，采取“以供定需”的策略。在各行各業(yè)、全社會(huì)全面實(shí)現(xiàn)節(jié)水，嚴(yán)格需水管理，保護(hù)珍稀的水資源。”對(duì)于南水北調(diào)過(guò)程中水資源的保護(hù)和開(kāi)發(fā)，劉昌明有著自己的觀點(diǎn)。
 
    公開(kāi)資料顯示，丹江口水庫(kù)是亞洲第一大人工淡水湖，水庫(kù)最大水面面積1022.75平方公里，總庫(kù)容339億立方米，被稱為漢江的天然水位調(diào)節(jié)器，有“亞洲天池”之美譽(yù)。談及外界頗為關(guān)心的中線工程源頭——丹江口水庫(kù)水質(zhì)情況，環(huán)境部污染防治司司長(zhǎng)趙英民說(shuō)：“（相關(guān)部門）根據(jù)2006年到2014年水質(zhì)監(jiān)測(cè)資料對(duì)漢江入庫(kù)水進(jìn)行了分析，占總?cè)霂?kù)水量90%的漢江入庫(kù)水，水質(zhì)穩(wěn)定為優(yōu)；對(duì)丹江口庫(kù)體水質(zhì)分析，水庫(kù)庫(kù)體的水質(zhì)也穩(wěn)定為優(yōu)。”
 
    事實(shí)上，為加強(qiáng)南水北調(diào)中線工程水質(zhì)安全與管理，國(guó)務(wù)院印發(fā)了《丹江口庫(kù)區(qū)及上游水污染防治和水土保持“十二五”規(guī)劃》，進(jìn)行源頭保水。丹江口庫(kù)區(qū)及上游湖北、河南、陜西三省先后關(guān)閉了一批污染嚴(yán)重的企業(yè)，嚴(yán)格審批新開(kāi)工項(xiàng)目，同時(shí)加大了環(huán)境基礎(chǔ)設(shè)施建設(shè)力度。
 
    除了保護(hù)水源地的水質(zhì)外，南水北調(diào)中線總干渠80%以上都是露天的明渠。南水北調(diào)辦公室環(huán)保司副司長(zhǎng)范治暉對(duì)外表示，中線工程在輸水總干渠兩側(cè)打造了生態(tài)走廊，在干線周圍還設(shè)有綠化帶、隔離帶、保護(hù)帶等，最大限度降低對(duì)總干渠水質(zhì)的污染風(fēng)險(xiǎn)。此外，沿線每段都有退水設(shè)施，通過(guò)關(guān)閉閘門可及時(shí)截?cái)辔廴舅�。�?jù)了解，中線干線共設(shè)有64個(gè)節(jié)制閘、60個(gè)控制閘、95個(gè)分水閘、54個(gè)退水閘，一旦發(fā)生突發(fā)污染情況，可以分段關(guān)閉閘門，通過(guò)退水閘將渠道內(nèi)的污水排出，避免“問(wèn)題水”北上。